tienes que mirar en du bbdd y borrar (drop) estas 2 tablas:
ls_boxes
ls_notifications
Despues el upgrade de la bbdd seguira normalmente, ya que el script busca crearlas y no actualizarlas
Esas tablas son especificas de las nuevas versiones y no tendrian que estar ya en una instalación 2.06... lo que puede pasar por ejemplo cuando se ha tenido en algun momento hacer un downgrade de la instalación