Entre em "Editar opções de resposta" dentro da pergunta "cidade", e clique no botão "Adicionar rapidamente...", que uma janela se abrirá onde você pode colar as respostas com suas respectivos IDs.
Pra montar o texto que deve ser colado nessa janela, eu costumo usar uma planilha o Excel, colocando na coluna A os IDs das respostas (1, 2, 3, etc.) e na coluna B os valores das respostas (no seu caso, os nomes das cidades). Depois seleciono a região desta planilha que contém os IDs e as respostas, e uso o comando Copiar (Control+C) e colo na janela do Limesurvey.