Dalla 1.92 alla 2.0 la struttura delle cartelle/sottocartelle di ls è cambiata notevolmente, e in generale quando si installa ls (qualsiasi versione) è sempre bene fargli creare da solo la struttura dall'unzip, quindi avere una cartella vuota. Le migrazioni possibili di indagini, dati e token vanno sempre fatte solo dopo l'installazione e cercando il più possibile di usare le funzioni di import/export di limesurvey.
Io di solito, quando faccio un upgrade, cerco di mantenere "attive" le due versioni, proprio per aver tempo di migrare le cose, e poi dismetto la versione vecchia.
Comunque: la cosa importante è che hai risolto