Deve essere un piccolo baco, certo che è strano che su alcune sottodomande lo fa e su altre no, anche perchè il codice di sottodomanda si puo' inserire nella schermata "Modifica sotto-domanda", oppure, se si usano le etichette predefinite, nella schermata "etichette", appunto.
Ad ogni modo il vincolo è solo applicativo, nel senso che la casella del codice è stata settata max 5 caratteri. Questo massimo è superabile utilizzando l'"Aggiunta veloce", dove puoi mettere codici con oltre 5 caratteri.
Ho verificato sul db della versione 1.92: il codice della sottodomanda è memorizzato nello stesso campo/tabella del codice domanda, e quel campo è definito varchar(20), quindi il massimo è 20.