Bueno, las contraseñas de Limesurvey también se almacenan en MD5. Leete el capítulo de la documentación sobre importación de listas de usuarios, quizá puedas hacer una primera importación de los usuarios con una clave genérica y luego ir recorriendo la tabla de usuario de limesurvey así creada y hacer un "update" con el valor correcto del hash md5 de la contraseña que recoges de tu otra tabla.
Si lo consigues, por el método que sea, estaría bien que pusieras aquí un post y nos lo explicarás a todos.
Ya sabes, Open Source
Gracias por anticipado.